حرص قانون حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية، على توفير الضمانات التي تكفل حماية البحيرات وتنظيم الصيد للحفاظ على ثروات الدولة، وذلك بإقرار عدد من المحاذير ومعاقبة مخالفيه بعدد من العقوبات الرادعة، والتي تتراوح بين الحبس مدة لا تقل عن سنة ولا تزيد على ثلاث سنوات، وبغرامة لا تقل عن 100 ألف جنيه ولا تزيد على مليون جنيه، أو بإحدى هاتين العقوبتين، مع مضاعفة العقوبة في حالة العود، إضافة إلى ضبط كافة الآلات والأدوات والمواد المستخدمة والموجودة بموقع المخالفة، ويحكم بمصادرة المضبوطات أو ثمنها لحساب جهاز حماية البحيرات، مع إزالة المخالفة إداريًا على نفقة المخالف.
يشار إلي أن قانون رقم 146 لسنة 2021 انشأ هيئة عامة اقتصادية لحماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية تسمى «جهـاز حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية » تكون لها الشخصية الاعتبارية وتتبع رئيس مجلس الوزراء ويكون مقرها الرئيس محافظة القاهرة ولها أن تنشئ فروعا ومكاتب داخل جمهورية مصر العربية.
تطبق هذه العقوبات في حال القيام بالمخالفات التالية حسب ما أقره القانون:
تجفيف أو ردم أى مساحات من البحيرات أو بواغيزها أو البرك الخاضعة لإشراف جهاز حماية وتنمية البحيرات، والتى يصدر بتحديدها قرار من رئيس الجمهورية، إلا للأغراض القومية.
حيازة أو استعمال أي آلات أو معدات أو أدوات رفع المياه داخل البحيرات أو بواغيزها أو على شواطئها أو الأراضى المملوكة للأفراد التى تغطيها المياه وتكون متصلة بالمياه المصرية إلا بترخيص من الجهاز، فيما تحدد اللائحة التنفيذية شروط وإجراءات إصدار الترخيص.
إنشاء الجزر أو الجسور أو السدود بالبحيرات وبواغيزها وشواطئها أو تحويط أية مساحة مائية منها بغير ترخيص من الجهاز، إلا للغرضين الآتيين، الأول يتمثل في حماية الأراضى الزراعية والعقارات من طغيان مياه البحيرات، والثاني لإنشاء مزارع للأسماك.
استغلال جزر البحيرات وبواغيزها ومراحاتها فى رعى الماشية وصيد الطيور، بغير ترخيص من الجهاز، بينما تحدد اللائحة التنفيذية شروط وإجراءات إصدار الترخيص.
التعدى بأى شكل من الأشكال على جميع الأراضى الخاضعة لإشراف الجهاز.
استغلال أو إقامة أية منشآت أو إجراء أي أعمال أو ممارسة أي أنشطة على الأراضى الواقعة داخل حرم البحيرات وبواغيزها إلا بترخيص من الجهاز، فيما تحدد اللائحة التنفيذية شروط وإجراءات إصدار الترخيص.