فيما تم في إطار المرحلة الثانية، إزالة جميع المنشآت العشوائية الموجودة بالفناءين الشمالي والجنوبي، وإنشاء استراحة للمرضى وذويهم، واستحداث مسارات حركة بديلة، وإنشاء عيادات الكشف المبكر وعلاج الآلام وإستراحة للأطباء والصيدليات، إلى جانب تحديث المبانى الإدارية وقاعة المحاضرات، فضلاً عن تطوير الأعمال الكهروميكانيكية للمبنى الإداري وساحة الانتظار ومنطقة الكشف المبكر وعلاج الآلام.