مرت حكومة الدكتور مصطفى مدبولي بالعديد من التحديات خلال عام 2021، لعل أبرزها الجائحة التي يواجهها العالم أجمع، وهي أزمة فيروس كورونا التي فرضت نفسها على كافة الدول جعلتها تتخذ قرارات استثنائية وتعلق طيرانها سواء مع كافة الدول أو مع دول يظهر بها الفيروس متحورا أو لم تقم بالسيطرة عليه.