قال الدكتور عمرو عدلي، اليابانية، إن بداية الجامعة كانت فكرة لإنشاء مركز تميز إقليمي بحثي يقدم خدمة تعليمية رائدة، مشيرًا إلى أن جامعة مصر اليابانية هي جامعة حكومية باتفاقية دولية، والمسئول عن قيادة الجامعة مجلس أمناء مكون من 20 فردًا، 10 منهم مصريين، و10 يابانيين.